Ajax

Kluivert sebahagian daripada Pasukan "Generasi Emas" Ajax pada 1990an. Beliau membuat debut untuk pasukan pertama Ajax pada 21 Ogos 1994 pada usia 18 tahun. Beliau beraksi dalam Piala Super Belanda menentang Feyenoord dan beliau turut menjaringkan gol pertamanya pada perlawanan tersebut. Musim 1994-95 menyaksikan banyak lepasan akademi Ajax yang berpotensi besar termasuklah Edgar Davids, Clarence Seedorf dan Edwin van der Sar. Pencapaian berharga mereka adalah menjulang trofi Liga Juara-Juara. Pada perlawanan akhir tersebut, Kluivert memasuki padang sebagai pemain gantian sebelum menjaringkan gol tunggal atau dianggap gol kemenangan pada minit ke-85 menentang Milan sekali gus menjadikan Kluivert merupakan pemain termuda menjaringkan gol dalam pentas final kejohanan Eropah oleh kerana pada masa itu beliau baru berusia 18 tahun, sepuluh bulan dan 23 hari. Beliau menjadi "Budak Emas" Ajax pada pertengahan 1990an dan menjadi tonggak serangan utama Ajax pada masa itu. Ketika di Ajax, Kluivert didapati bersalah menyebabkan kematian kerana didapati memandu secara berbahaya dan beliau diperintahkan untuk melaksanakan 240 jam khidmat masyarakat. Pada tahun 1997, beliau menolak untuk menandatangani kontrak baru dan berpindah ke Milan secara perpindahan Bosman. Di Ajax, beliau telah menjaringkan 39 gol dalam 70 perlawanan liga Belanda selama tiga musim.

Milan

Kariernya di Milan bermula dengan baik apabila beliau menjaringkan gol sensasi sewaktu menentang Juventus dalam satu perlawanan persahabatan. Selepas hanya menjaringkan enam gol dalam Serie A, beliau melakukan perpindahan ke FC Barcelona.

Barcelona

Pada 28 Ogos 1998, sejam sebelum jendela perpindahan ditutup, Kluivert menandatangani kontrak empat tahun bersama kelab gergasi Sepanyol, FC Barcelona dengan kos perpindahan yang menelan 8.75 juta euro. Kluivert bersatu semula dengan Louis van Gaal, seorang mentornya ketika di Ajax. Kluivert membentuk jentera serangan mantap bersama Rivaldo, yang membolehkan Barça mempertahankan kejuaraan La Liga pada musim 1998–99. Musim seterusnya merupakan musim cemerlang bagi Kluivert. Walaupun Barcelona gagal mempertahankan gelaran liga ketiga berturut-turut, tetapi Kluivert menjadi penjaring terbanyak kelab dengan 15 gol liga.[1] Beliau dilepaskan Barcelona pada musim panas 2004. Beliau telah menjaringkan 90 gol liga buat kelab dan menjadikan beliau penjaring keenam terbanyak Barcelona sepanjang zaman dalam La Liga.

Newcastle United

Kluivert sertai Newcastle United pada 21 Julai 2004 dan bergandingan bersama Alan Shearer. Walaupun menjaringkan 13 gol dalam musim debutnya, Newcastle menamatkan saingan liga berada hampir tangga tercorot yang mencetuskan klausa dalam kontraknya dengan mengatakan mana-mana pihak boleh membuat keputusan untuk tidak melanjutkan kontraknya lagi.

Valencia

Kluivert memutuskan untuk kembali ke Sepanyol oleh kerana beliau menyertai kelab Valencia. Kluivert diberikan kebenaran untuk mengintai kelab baru pada Julai 2006 selepas hanya satu musim dan bermain selama 202 minit. Kebanyakan masanya dipenuhi dengan kecederaan.

PSV

Walaupun khabar angin meluas mengatakan Kluivert akan kembali ke tanah airnya untuk kembali semula ke Ajax, Kluivert kembali ke Eredivisie tetapi menjadi pemain PSV selepas beliau menandatangani kontrak setahun pada 2006. Seperti di Ajax, beliau membuat debut untuk PSV menentang Feyenoord yang berkesudahan PSV menang 2-1. Selepas itu, beliau mengalami dua kecederaan ketika separuh pertama musim yang menyebabkan masa bermainnya terhad. Pada perlawanan menentang Ajax di laman sendiri, Kluivert tidak meraikan golnya sewaktu menentang kelab lamanya. Beliau akhirnya dilepaskan pada Julai 2007.

Lille

Pada 25 Julai 2007, Kluivert sertai kelab Perancis, Lille. Kluivert mempunyai pengalaman berlainan dengan kelab Perancis, Lille. Walaupun hanya beraksi 10 perlawanan, tetapi dalam penampilan ini, beliau menyumbang empat gol dan membantu jaringan berharga. Pada Mei 2008, Kluivert memberitahu pengurus Lille, Claude Puel bahawa beliau akan menjelajah ke cabaran baru untuk musim seterusnya.